Die Arbeit der im Auftrag der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften agierenden Arbeitsstelle Athanasius Werke wurde zwischen dem 1.8.2000 und dem 17.10.2013 durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) gefördert (Athanasius Werke II 8, III 3, III 4 und III 5). Ab 1.5.2015 wurde (für drei Jahre) die Arbeit an Athanasius Werke III 6 und 7 durch die Fritz Thyssen Stiftung gefördert.

Für die Edition nötige Buchanschaffungen und Handschriftenmikrofilme wurden durch den Universitätsbund Erlangen-Nürnberg e.V. ermöglicht. Die Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg stellt die nötige technische und räumliche Infrastruktur zur Verfügung und hat die Arbeit zeitweise durch zusätzliche Personalmittel unterstützt.